Është themeluar rreth fillimit të shek të IV p.e.s., ndërsa gërmadhat e Apolonisë janë zbuluar në fillim të shek XIX. Gjurmët më të hershme arkeologjike janë disa objekte të kohës së hekurit, tipike të kulturës ilire. Nga shekujt e parë të jetës së qytetit ruhen disa mbeturina të murit mbrojtës dhe të një tempulli arkaik kushtuar Artemisit, hyjneshës më të adhuruar të apoloniatëve.
Ndër 24 qytete në të gjithë botën mesdhetare që mbanin këtë emër në Antikitet, Apolonia e Ilirisë ishte më e rëndësishmja dhe luajti një rol të madh si ndërmjetëse tregtare mes helenëve dhe ilirëve. Apolonia ishte në atë kohë një qytet i madh e i rëndësishëm në afërsi të lumit Vjosa. Llogaritet që qyteti të ketë pasur rreth 60,000 banorë, një shifër rekord për Antikitetin!
Me interes të madh për vizitorët në Apoloni janë monumenti i Agonotetëve, Odeoni, Biblioteka, Muri rrethues, Portiku, Vila me impluvium, Vila romake me mozaikë, Muzeu arkeologjik, Kisha e Shën Mërisë.
